អង្គរធំត្រូវបានសាងសង់ឡើងនៅចុងសតវត្សទី 12 ដោយព្រះបាទជ័យវរ្ម័នទី 7 ។ វា​ជា​មជ្ឈមណ្ឌល​នៃ​កម្មវិធី​អគារ​ដ៏​ធំ​មួយ​ដែល​ជំរុញ​ដោយ​ព្រះមហាក្សត្រ។ ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយ ព្រះបាទជ័យវរ្ម័នទី៧ មិនបានសាងសង់សំណង់ដំបូងគេដែលរកឃើញនៅអង្គរធំទេ។ សំណង់ខ្លះត្រូវបានសាងសង់កាលពីប៉ុន្មានសតវត្សមុន។

អង្គរធំត្រួតលើផ្នែកមួយនៃរាជធានីមុននៃអាណាចក្រខ្មែរត្រូវបានគេហៅថា យសោធរបុរៈ។ ព្រះបាទជ័យវរ្ម័នទី៧ បានពង្រីកសំណង់ពីមុនមួយចំនួន និងបានកសាងប្រាសាទថ្មីមួយចំនួន។

សំណង់​ដែល​គេ​ស្គាល់​ចុងក្រោយ​គេ​ដែល​ត្រូវ​បាន​សាងសង់​នៅ​ក្នុង​អង្គរធំ​គឺ Mangalartha ដែល​មាន​ទីតាំង​ប្រហែល 300 ម៉ែត្រ​ពី​ទ្វារ​ជ័យជំនះ។ ថ្វីត្បិតតែសាងសង់ក្នុងរជ្ជកាលព្រះបាទជ័យវរ្ម័នទី៧ ក៏ដោយ ក៏គេមិនទាន់ដឹងច្បាស់ថា សាងសង់រួចរាល់នៅពេលណាដែរ។ ប្រាសាទតូចត្រូវបានឧទ្ទិសដល់ព្រះវិស្ណុ ដែលជាព្រះហិណ្ឌូក្នុងឆ្នាំ ១២៩៥។

អង្គរធំត្រូវបានបណ្តេញចេញដោយរាជាណាចក្រអយុធ្យាដែលឈ្លានពានពីសៀម (បច្ចុប្បន្នប្រទេសថៃ) នៅចុងសតវត្សទី 14 ហើយទីក្រុងនេះត្រូវបានបោះបង់ចោលនៅពេលណាមួយបន្ទាប់ពីកាលបរិច្ឆេទនេះ។

វាមិនត្រូវបានគេដឹងច្បាស់ថានៅពេលណាដែលវាត្រូវបានបោះបង់ចោលនោះទេ ប៉ុន្តែវាគឺមុនឆ្នាំ 1609 នៅពេលដែលភ្ញៀវទេសចរលោកខាងលិចម្នាក់បានចងក្រងជាឯកសារ និងបានសរសេរអំពីទីក្រុងដ៏អស្ចារ្យមួយដែលគ្មានមនុស្សរស់នៅ។

ឈ្មោះ​អង្គរធំ​ត្រូវ​បាន​ប្រើ​ជា​លើក​ដំបូង​នៅ​សតវត្ស​ទី​១៦។ មុនសម័យនេះ ខ្មែរប្រើឈ្មោះ យសោធរបុរៈ ព្រោះគេមិនមានភាពខុសគ្នាច្បាស់លាស់រវាងរាជធានីចាស់ និងរាជធានីថ្មីទេ។